GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

生物信息 0条评论 2020-6-20 43 views
21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞大时,可能就 hold 不住,等待时间让人发指。加速大规模生物数据的分析速度有很多方法,其中利用 GPU 加速基因组研

一键查看后端程序语言,分析网站技术栈

分享发现 0条评论 2020-6-10 100 views
当看到一个网站,想要了解它用了什么技术开发,可以通过开发者工具去看,但这样的效率很低。下面推荐两个方便的工具:W3techhttps://w3techs.comBuidWithhttps://builtwith.com/这两个网站可以方便了解网站的技术栈,输入网址一点就能得到结果,发现网站是采用什么

日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座

文献速读 0条评论 2020-6-9 96 views
文献信息标题: Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases中文标题: 日本人群的大规

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-7 87 views
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(mu

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-2 221 views
检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨

年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡垃圾搭建自己的科学计算平台

折腾笔记 0条评论 2020-6-1 202 views
开篇三问Q:有什么需求? A:跑耗资源的科学运算。Q:为什么捡垃圾? A:因为穷。Q:怎么捡垃圾? A:全能的淘宝。三个开篇问题,算是写这篇剁手文章的借口理由。普通 PC 很难支撑得起耗费资源的科学运算,但服务器的价格一般比较惊人。这时就可以发挥下图拉丁吧的垃圾佬精神,用各种二手配件来组建自己的低价

炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(深度学习篇)

机器学习 0条评论 2020-6-1 131 views
选定学习路线上回介绍了机器学习的入门指南,这一次轮到更为火爆的深度学习。深度学习有非常多免费的优质课程,不用花钱就能在家享受名师教学的体验。这一次,也主要是介绍免费的资料。深度学习的入门也划分为两条不同的路线,一条路线是从基础学好,注重每一步的推导和实现过程,另一条路线是入门时只需要弄懂大致的原理,

炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(机器学习篇)

机器学习 0条评论 2020-6-1 91 views
避免成为资料收藏家机器学习越来越火爆,各种资料也越来越多。在网上随意一搜,就能看到一大串长长的书单和一大堆视频教程。堆积如山的资料,很容易让新手一脸懵逼,无所适从,最后没当成炼丹术师,反而成了著名的资料收藏家。怎样避免成为资料收藏家?道理大家都懂,不就是挑好学习资料后狠下心钻研下去,没学好前尽量不再

Linux无root权限通过Anaconda虚拟环境安装R并在Jupyter Lab运行

计算环境 0条评论 2020-5-31 181 views
一般情况下,R 的安装非常容易。但如果是在linux服务器上,而又没有root权限,安装就比较麻烦了。最直接的方法是自己在有读写权限的目录中编译安装,但过程非常繁琐,需要解决非常多依赖库,整个过程几乎会让人爆炸。还好,有一种简便很多的方法,通过Anaconda的虚拟环境安装。安装Anaconda如果

face3d: 3D人脸处理Python开源工具

机器学习 0条评论 2020-5-31 104 views
简介3D 人脸是非常有趣的研究领域。face3D (https://github.com/YadiraF/face3d) 是一个基于 Python 的开源项目,实现了 3D 人脸研究的众多功能。它可以处理网格数据,用形变模型生成 3D 人脸,从单张二维人脸图片和关键点重建三维图像,渲染不同光照条件的