PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?

PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?-赵煮机

该选择多少个主成分 群体结构(population structure),或者说群体分层(population stratification),是由于个体之间非随机交配而导致的群...

生物信息# GWAS# 群体遗传# PCA

11月15日 18:20
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史前化石揭示狗的起源和群体历史

史前化石揭示狗的起源和群体历史-赵煮机

狗是第一个被驯化的动物,可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过,狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究,但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖,有些问题依旧未能解...

文献速读# 群体遗传# 狗

10月30日 21:59
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Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源

Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源-赵煮机

在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包,速度估计会抓狂,说不定还总是失败。 解决方法很简单,只需要把官方镜像替换为国内的镜像。网上搜的教程一般...

技术笔记# Python# Anaconda

10月29日 18:59
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减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板

减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板-赵煮机

在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。 Portainer 链接:https://...

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10月28日 19:45
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Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?

Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?-赵煮机

计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办? 具体看看着报错信息: OpenBLAS blas_...

技术笔记# Python

9月2日 21:47
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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分-赵煮机

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plin...

生物信息# 教程# 生物信息学# 群体遗传

7月26日 22:59
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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号-赵煮机

EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Popula...

生物信息# 教程# 生物信息学# 群体遗传

7月19日 18:06
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预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南-赵煮机

做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比...

技术笔记# 教程# 生物信息学# 服务器

7月11日 18:57
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FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)-赵煮机

介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造...

生物信息# 教程# 生物信息学# GWAS

7月9日 09:48
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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库-赵煮机

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐...

生物信息# 生物信息学# GWAS# 基因组学

7月7日 16:51
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嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术

嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术-赵煮机

什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言,既可以写后端,也可以做数据分析,既可以智能化运维,也可以搞渗透,既可以写爬虫,又可以做机器学习深度学习。然而,Python 的缺...

技术笔记# Python# 科学计算# JIT

7月5日 15:38
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GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析-赵煮机

21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模...

生物信息# 生物信息学# GWAS# 生物信息

6月20日 12:51
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