R画图y轴范围太大时,如何局部压缩坐标轴?

R画图y轴范围太大时,如何局部压缩坐标轴?-赵煮机

用 R 画图的时候,如果 y 轴存在个别非常大或非常小的值,或者当中的数值存在非常大差异的时候,画出的图很容易产生误导效果,使人忽略当中某一部分信息。 比如,下面这张 GWAS 曼哈顿图中(来...

技术笔记# R

3月21日 19:21
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R读取大文件速度太慢?来试试能提速两千倍的fread

R读取大文件速度太慢?来试试能提速两千倍的fread-赵煮机

R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据,需要等很长时间。 在需要读取大文件时,尤其读取列数特别多的文件,不妨试试 data.table 包(https://cran.r-...

技术笔记# R# R语言

1月28日 19:21
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基于RAINBOW的单倍型全基因组关联分析(haplotype-based GWAS)教程

基于RAINBOW的单倍型全基因组关联分析(haplotype-based GWAS)教程-赵煮机

听起来难以置信,单倍型关联分析竟然这么简单 Haplotype-based GWAS(单倍型全基因组关联分析)是基于 haplotype (单倍型)进行的关联分析,在基因组层面寻找与表型相关的变异。 Haplotype...

生物信息# 全基因组关联分析# 基因组

1月24日 20:22
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HostHatch 10T大盘机系统手动安装教程附简单测速

HostHatch 10T大盘机系统手动安装教程附简单测速-赵煮机

早上收到邮件,HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是,系统还得手动安装: This server comes installed without an OS due to the disk size. You will have to mount an ISO, c...

折腾玩机# VPS# HostHatch

12月8日 10:12
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PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?

PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?-赵煮机

该选择多少个主成分 群体结构(population structure),或者说群体分层(population stratification),是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因频率的系统差异。这种系统差...

生物信息# GWAS# 群体遗传# PCA

11月15日 18:20
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史前化石揭示狗的起源和群体历史

史前化石揭示狗的起源和群体历史-赵煮机

狗是第一个被驯化的动物,可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过,狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究,但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖,有些问题依旧未能解...

文献速读# 群体遗传# 狗

10月30日 21:59
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Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源

Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源-赵煮机

在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包,速度估计会抓狂,说不定还总是失败。 解决方法很简单,只需要把官方镜像替换为国内的镜像。网上搜的教程一般是清华或者中科...

技术笔记# Python# Anaconda

10月29日 18:59
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减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板

减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板-赵煮机

在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。 Portainer 链接:https://www.portainer.io Portainer 是一个轻量化的 D...

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10月28日 19:45
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Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?

Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?-赵煮机

计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办? 具体看看着报错信息: OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 4096 current, 8251551 max...

技术笔记# Python

9月2日 21:47
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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分-赵煮机

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html,下载解压就可以使...

生物信息# 教程# 生物信息学# 群体遗传

7月26日 22:59
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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号-赵煮机

EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...

生物信息# 教程# 生物信息学# 群体遗传

7月19日 18:06
012960

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南-赵煮机

做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比自建维护...

技术笔记# 教程# 生物信息学# 服务器

7月11日 18:57
06650