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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

发布于:2020-7-7 生物信息 0条评论 105 views

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。

CAUSALdb(http://mulinlab.tmu.edu.cn/causaldb/index.html)是一个整合了大量人类 GWAS 摘要统计信息,并通过统一处理进行 fine-mapping 识别因果变异的数据库。

CAUSALdb 包含 3,000多个 GWAS 公共数据,并且该数量也在不断更新中。

它使用了PAINTOR、CAVIARBF 和 FINEMAP 三个最新的fine-mapping工具,估算 GWAS 候选位点中所有遗传变异的因果概率。这些结果,可以在交互式网页中查看。

网站的查询非常方便,可以输入 SNP 的 rs编号、基因名字、表型或者位置信息。

比如,输入 SMAD2 基因进行查询,可以看到以往 GWAS 文献报道过与这个基因有关的表型和相关 SNP 的 causal probability:

点击其中一个表型的研究,可以看到更多信息,包括 QQ Plot、Manhattan Plot、LD Block Plot、Table of causal variants、Annotation:

这个数据库使用起来非常方便,数据也可以下载。如果需要挑选 causal SNPs,不妨试试这个数据库,看看其他研究的结果,说不定会有意外发现。



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