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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

生物信息 0条评论 2020-7-26 53 views
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据,这里以 plink 格式的文件为例。筛选SNPSNP 数量太多,计算会非常慢。可

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-7-19 98 views
EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

生物信息 4条评论 2020-7-9 145 views
介绍全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而是因为跟 causal SNP 之间存在的 LD 而变得显著。因而,后续还需要

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

生物信息 0条评论 2020-7-7 105 views
现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。CAUSALdb(http://mulinlab.tmu.edu.cn/causal

GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

生物信息 0条评论 2020-6-20 127 views
21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞大时,可能就 hold 不住,等待时间让人发指。加速大规模生物数据的分析速度有很多方法,其中利用 GPU 加速基因组研

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-7 200 views
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(mu

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-2 487 views
检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨