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FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)-赵煮机

介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而...

生物信息# 教程# 生物信息学# GWAS

7月9日 09:48
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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库-赵煮机

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(...

生物信息# 生物信息学# GWAS# 基因组学

7月7日 16:51
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嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术

嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术-赵煮机

什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言,既可以写后端,也可以做数据分析,既可以智能化运维,也可以搞渗透,既可以写爬虫,又可以做机器学习深度学习。然而,Python 的缺点也很明显,它的速度...

技术笔记# Python# 科学计算# JIT

7月5日 15:38
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GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析-赵煮机

21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞...

生物信息# 生物信息学# GWAS# 生物信息

6月20日 12:51
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一键查看后端程序语言,分析网站技术栈

一键查看后端程序语言,分析网站技术栈-赵煮机

当看到一个网站,想要了解它用了什么技术开发,可以通过开发者工具去看,但这样的效率很低。下面推荐两个方便的工具: W3tech https://w3techs.com BuidWith https://builtwith.com/ ...

分享发现# 网站开发

6月10日 13:06
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日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座

日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座-赵煮机

文献信息 标题: Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases 中文标题: 日本人群的大规模全基...

文献速读# GWAS# 群体遗传# 基因组学

6月9日 21:15
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使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号-赵煮机

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中...

生物信息# 教程# 生物信息学# 自然选择

6月7日 18:05
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使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号-赵煮机

检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelih...

生物信息# 教程# 生物信息学# 自然选择

6月2日 18:20
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年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡垃圾搭建自己的科学计算平台

年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡垃圾搭建自己的科学计算平台-赵煮机

开篇三问 Q:有什么需求? A:跑耗资源的科学运算。 Q:为什么捡垃圾? A:因为穷。 Q:怎么捡垃圾? A:全能的淘宝。 三个开篇问题,算是写这篇剁手文章的借口理由。普通 PC 很难支撑得起...

技术笔记# 服务器

6月1日 09:36
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炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(深度学习篇)

炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(深度学习篇)-赵煮机

选定学习路线 上回介绍了机器学习的入门指南,这一次轮到更为火爆的深度学习。深度学习有非常多免费的优质课程,不用花钱就能在家享受名师教学的体验。这一次,也主要是介绍免费的资料。 深度...

机器学习# 机器学习# 深度学习

6月1日 09:30
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炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(机器学习篇)

炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(机器学习篇)-赵煮机

避免成为资料收藏家 机器学习越来越火爆,各种资料也越来越多。在网上随意一搜,就能看到一大串长长的书单和一大堆视频教程。堆积如山的资料,很容易让新手一脸懵逼,无所适从,最后没当成炼丹...

机器学习# 机器学习

6月1日 09:27
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Linux无root权限通过Anaconda虚拟环境安装R并在Jupyter Lab运行

Linux无root权限通过Anaconda虚拟环境安装R并在Jupyter Lab运行-赵煮机

一般情况下,R 的安装非常容易。但如果是在linux服务器上,而又没有root权限,安装就比较麻烦了。最直接的方法是自己在有读写权限的目录中编译安装,但过程非常繁琐,需要解决非常多依赖库,整...

技术笔记# R# Anaconda

5月31日 21:45
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