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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

生物信息 0条评论 2020-7-26 53 views
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据,这里以 plink 格式的文件为例。筛选SNPSNP 数量太多,计算会非常慢。可

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-7-19 97 views
EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

生物信息 4条评论 2020-7-9 144 views
介绍全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而是因为跟 causal SNP 之间存在的 LD 而变得显著。因而,后续还需要

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

生物信息 0条评论 2020-7-7 105 views
现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。CAUSALdb(http://mulinlab.tmu.edu.cn/causal

日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座

文献速读 0条评论 2020-6-9 180 views
文献信息标题: Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases中文标题: 日本人群的大规