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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

生物信息 0条评论 2020-7-26 53 views
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据,这里以 plink 格式的文件为例。筛选SNPSNP 数量太多,计算会非常慢。可

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-7-19 97 views
EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

技术笔记 0条评论 2020-7-11 108 views
做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比自建维护机房要划算得多。如果处理的数据不大,自己组装个服务器要划算得多。之前在《年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡垃

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

生物信息 4条评论 2020-7-9 144 views
介绍全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而是因为跟 causal SNP 之间存在的 LD 而变得显著。因而,后续还需要

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-7 200 views
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(mu

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-2 487 views
检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨

Docker快速部署GitLab搭建私人仓库

折腾笔记 0条评论 2018-11-27 1,815 views
黑五抢了个Virmach的大内存机器,终于可以折腾下超级吃内存的GitLab。GitLab的安装方式有好几种,个人比较建议用Docker,部署快速,而且不容易影响机器本身安装好的服务。Docker安装CentOS 7直接通过yum安装即可: yum -y install docker-io 成功安装

如何挂PT: CentOS 7安装配置美化Transmission

折腾笔记 3条评论 2018-4-9 5,793 views
安装Transmission包含在EPEL拓展仓库中,如果没有安装EPEL源,安装前需要输入以下命令安装EPEL源(需要root权限):yum -y install epel-release yum -y update EPEL源安装成功后,即可安装Transmission:yum install