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GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

生物信息 0条评论 2020-6-20 43 views
21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞大时,可能就 hold 不住,等待时间让人发指。加速大规模生物数据的分析速度有很多方法,其中利用 GPU 加速基因组研

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-7 87 views
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(mu

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-2 221 views
检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨