生物信息学共8篇

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分-赵煮机

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html,下载解压就可以使...
7月26日 22:59
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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号-赵煮机

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...
7月19日 18:06
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预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南-赵煮机

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比自建维护...
7月11日 18:57
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FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)-赵煮机

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而...
7月9日 09:48
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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库-赵煮机

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(...
7月7日 16:51
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GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析-赵煮机

GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞...
6月20日 12:51
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使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号-赵煮机

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中...
6月7日 18:05
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使用XP-CLR检测基因组中的选择信号-赵煮机

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelih...
6月2日 18:20
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