生物信息学共8篇

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分-赵煮机

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plin...

生物信息# 教程# 生物信息学# 基因组学

7月26日 22:59
02030

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号-赵煮机

EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Popula...

生物信息# 教程# 生物信息学# 基因组学

7月19日 18:06
02910

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南-赵煮机

做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比...

技术笔记# 教程# 生物信息学# 服务器

7月11日 18:57
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FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)-赵煮机

介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造...

生物信息# 教程# 生物信息学# 基因组学

7月9日 09:48
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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库-赵煮机

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐...

生物信息# 生物信息学# 基因组学# GWAS

7月7日 16:51
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GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析-赵煮机

21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模...

生物信息# 生物信息学# GWAS# 生物信息

6月20日 12:51
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使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号-赵煮机

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体...

生物信息# 教程# 生物信息学# 自然选择

6月7日 18:05
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使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号-赵煮机

检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方...

生物信息# 教程# 生物信息学# 自然选择

6月2日 18:20
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