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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-7-19 98 views
EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-7 200 views
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(mu

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

生物信息 0条评论 2020-6-2 488 views
检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨